Tahun 2006, berpikir tentang bagaimana melestarikan RQ. Salah satunya adalah mengikuti alur zaman, menyediakan apa yang dibutuhkan oleh masa itu, adaptif, inovatif, memelihara kebaikan yang ada dan mengambil kebaruan yang lebih bagus. Saat itu diperlukan legalisasi keahlian, yakni ijazah. Juga dibutuhkan kompetensi yang imbang akan ilmu agama dan umum. Juga berpikir tentang bagimana RQ bisa secara totalitas mendampingi santri dengan cara menambah durasi bmbingan. Dari proses berpikir itu munculah ide pendirian lembaga formal, yakni MTs. Terpadu Roudlotul Quran. Berbentuk MTs bukan SMP karena itu masih linier dengan misi tafaqquh fid diin. Bersama dengan teman, sahabat, kerabat dengan nama Tim Pendiri, pada tahun pelajaran 2006 berdirilah MTs Terpadu Roudlotul Quran dengan jumlah siswa awal 12 anak.